Mãi đến mùa thu 1946 vị trí công tác của tôi mới được xác định khi BCHTƯ và chính phủ thành lập cơ quan tình báo và phá hoại đặc biệt thuộc Bộ An ninh Quốc gia Liên Xô (từ năm 1950 nó được gọi là Văn phòng MGB số 1 về công tác phá hoại ở nước ngoài), và tôi được cử là trưởng, còn Eitingon làm phó.

Năm 1950 khoảng 2 tháng cùng với Eitingon, còn một vị phó nữa của tôi là Korotkov. Từ tháng 10- 1951 đến tháng 3 - 1953 chịu trách nhiệm phó của tôi là chỉ huy du kích nổi tiếng trong thời gian chiến tranh, anh hùng Liên Xô Prudnikov lúc ấy là đại tá. Nhiệm vụ của tôi là tổ chức một cơ quan độc lập mà trong trường hợp chiến tranh chúng ta tái lập lại trong một thời hạn ngắn nhất thành cơ quan điều hành công tác chiến đấu. Nó cũng đề cập đến các hành động trong trường hợp nảy sinh các căng thẳng ngay bên trong Liên Xô mà có thể biến chuyển thành đụng độ vũ trang liên quan đến sự lan tràn nạn cướp vùng Baltic và Tây Ucraina.

Tôi muốn điểm lại công việc căng thẳng của tình báo ta vốn ít ai được rõ vào cuối những năm 1940. Bằng sắc lệnh đặc biệt của Stalin cho phó của tôi, Eitingon, được tiến hành chiến dịch tương trợ cho các cơ quan an ninh của ĐCS Trung Quốc trong việc đàn áp phong trào ly khai của người Uigur tại vùng được gọi là Đông Turkextan, vẫn quen thuộc với mọi người hơn gọi là vùng Tây Tạng của Cộng hoà nhân dân Trung Hoa.

Hồng quân và các cơ quan đặc biệt chúng ta từ 1937 đã dùng Tây Tạng như lãnh thổ biên giới của Trung Quốc để giúp đỡ thiết thực cuộc đấu tranh vũ trang của quân đội Trung Quốc. Tình hình tại vùng này những năm 1940- 1944 căng thẳng đột ngột bởi kích động của tình báo Nhật Bản đối với người Uigur và Kazak dưới sự chỉ huy của Osman Batưr. Quân bạo loạn được Nhật vũ trang đã tiến hành hàng loạt hoạt động phá hoại chống lại các xí nghiệp hàng không Liên Xô thời đó đóng tại Sintszian. Nhà hoạt động nổi tiếng người Uigur Ali- khan Tere, tuyên bố độc lập của Đông Turkextan ngầm ý ủng hộ của Tưởng Giới Thạch, người quan tâm đến sự bất ổn định hậu phương của những người cộng sản Trung Quốc, năm 1944 đã chống lại Mao Trạch Đông.

Eitingon và chỉ huy phong trào du kích nổi tiếng, Anh hùng Liên Xô Prokopiuk tổ chức sự đối chọi có hiệu quả các hành động của các cơ quan đặc biệt của Tưởng Giới Thạch. Bọn dân tộc chủ nghĩa trong những đụng độ khốc liệt những năm 1946 - 1949 đã thất bại hoàn toàn.

Đáng lưu ý là Eitingon điều phối hoạt động với các cán bộ của cơ quan đặc biệt trực thuộc chủ tịch hội đồng bộ trưởng Liên Xô và BCHTƯ ĐCS. Nhiệm vụ đặc biệt đến nỗi mà tôi như lãnh đạo trực tiếp của ông cũng chỉ được thông tin ở những nét chung chung nhất nhân những chuyến đi công tác dài ngày của ông ở Sintszian. Sau này khi sự minh oan với Khrusev, Eitingon nhắc về nhiệm vụ đó từ Hội đồng bộ trưởng. Từ những chuyện kể của ông trong tù tôi được biết người được phân để điều phối các hành động cùng ông là cán bộ bộ máy của Stalin họ tên là Vaxiliev có trong tay mạng lưới điệp viên ở Trung Quốc trong số đảng viên cộng sản bí mật.

Tôi giữ địa vị như người chỉ huy một phân sở trực thuộc ban lãnh đạo chính phủ Xô viết trong hệ thống Bộ An ninh quốc gia, Abakumov tế nhị vừa đủ để không tước đi của tôi những đặc quyền mà tôi được nhận trong những năm chiến tranh: tôi được giữ nhà nghỉ, tiếp tục được đưa vào danh sách những người ngoài tiền lương còn nhận tiền thưởng hàng tháng, cũng như quyền được phục vụ đặc biệt và ăn uống trong nhà ăn điện Kremli. Cũng có một số thay đổi như tôi không còn được mời dự những cuộc họp định kỳ của các Cục trưởng dưới sự chủ toạ của bộ trưởng như vẫn xảy ra trong thời gian chiến tranh. Thực tế tôi và Abakumov không tiếp xúc với nhau cho đến một ngày nọ bất ngờ tôi nghe qua điện thoại giọng tự tin thường có ở Abakumov:

- Tôi được tin các con trai anh lên kế hoạch ám sát đồng chí Stalin.

- Ý anh nói gì?

- Nói điều đã nói, - Abakumov đáp - Thế anh biết chúng mấy tuổi không?

- Có gì khác cơ chứ? - bộ trưởng đáp.

- Thưa bộ trưởng, tôi không biết ai báo với anh điều đó, nhưng những lời cáo buộc tương tự là không thể. Con trai bé của tôi 5 tuổi, còn đứa lớn 8 tuổi.

Abakumov ném máy. Và trong suốt một năm tôi không nghe thấy từ ông ta lấy một lời về công việc. Ông ta không gặp tôi lần nào dù tôi chịu sự phụ trách trực tiếp của ông ta. Tất cả mọi vấn đề được giải quyết chỉ qua điện thoại.

Cuối năm 1946 đầu năm 1947 tiếp tục những thay đổi tổ chức nghiêm trọng của Tổng cục tình báo: tháng 7 - 1946 Tổng cục 4 bị bỏ; cuối 1946 đầu 1947 tổng cục tình báo MGB chuyển cho Uỷ ban thông tấn thành lập tháng 3 - 1947, - nửa năm tiến triển “việc phân chia bộ máy điệp viên.” Fiser làm việc ở tổng cục 4 dưới sự chỉ đạo của tôi suốt chiến tranh, chịu trách nhiệm tình báo điện đài, được chuyển sang Uỷ ban thông tấn. Nhờ sự giúp đỡ của Oglsov, phó thứ nhất của Abakumov, tôi thuyết phục được Fedotov, phó của Molotov rằng cơ quan của tôi cần có một trung tâm điện đài. Việc Uỷ ban và văn phòng phải sử dụng chung một trung tâm điện đài không làm tôi vui. Trong Uỷ ban Korotkov được cử làm trưởng phòng điệp viên - chính ông đã soạn thảo kế hoạch sử dụng Fiser sau này nổi tiếng dưới mật danh Rudolf Abel với tư cách người lãnh đạo mạng lưới điệp viên ở Mỹ và Tây Âu.

Kế hoạch của Korotkov trước hết phải được sự xác nhận của tôi vì một trong những nhiệm vụ cơ bản của nó là thâm nhập vào các công trình quân sự ở Bergrn (Na Uy), Havre và Sherbur (Pháp). Tôi chống một cách cương quyết bởi cho rằng sẽ có lợi hơn rất nhiều nếu Fiser khi làm việc ở nước ngoài sẽ hoàn thiện hệ thống liên lạc điện đài của chúng ta thay vào chỗ mạo hiểm lãnh đạo mạng điệp viên. Các nhân viên điện đài bí mật và điệp viên ngầm phải hoặc là chồng và vợ, hoặc làm việc riêng biệt với nhau, giữ liên lạc qua người đưa tin để hạ thấp tối đa sự mạo hiểm. Korotkov, thực chất khăng khăng để Fiser liên kết sự lãnh đạo mạng điệp viên và kiểm soát các điện báo viên.