Minh Thái Tổ là người xuất thân từ nông dân, ít nhiều hiểu được đời sống nông dân. Sau khi lên ngôi, ông chú ý thực hiện chính sách nuôi dưỡng sức dân, luôn răn đe quan lại: "Nay thiên hạ vừa an định, trăm họ đều nghèo khổ, giống như con chim mới tập bay, không được vặt lông của nó; như cái cây mới trồng, không được làm đứt rễ của nó".

Ông yêu cầu quan lại phải liêm khiết, tuân thủ pháp luật, không được tham nhũng lạm quyền làm tăng sự đóng góp của dân. Sau đó, ông lại chiêu tập nông dân lưu tán, cho khai khẩn đất hoang, miễn trừ lao dịch và thuế khóa cho hạn 3 năm; lại yêu cầu quân đội mở đồn điền khẩn hoang, tự túc lương thực. Ngoài ra còn sửa sang thủy lợi, khuyến khích trồng bông trồng đay. Vì vậy, nông nghiệp đầu đời Minh phát triển mạnh mẽ, triều đại mới dần dần được củng cố. Nhưng mặt khác, Minh Thái Tổ lại nơm nớp lo ngại đối với các công thần khai quốc, sợ họ có mưu đồ kia khác. Ông lập ra 1 cơ cấu đặc vụ mang tên "Cẩm y vệ", chuyên dùng để giám sát, thăm dò hoạt động của các đại thần. Đại thần nào có hoạt động gì ở bên ngoài hay bên trong gia đình, ông đầu nhận được tin tức rất rõ ràng. Ai bị phát hiện có hành động đáng ngờ đều có nguy cơ bị bỏ tù, thậm chí chém đầu. Minh Thái Tổ đối đãi với các quan rất tàn bạo. Khi vào triều, đại thần nào nói năng gì khiến ông nổi giận, liền bị nọc ra đánh gậy giữa triều đình, gọi là "đình trượng". Cách làm đó khiến các đại thần nơm nớp lo âu, mỗi ngày khi vào triều đều buồn rầu từ biệt gia đình. Nếu hôm đó bình an vô sự, thì người thân đều mừng rỡ vì đã may mắn sống được thêm 1 ngày.

Năm 1380, thừa tướng Hồ Duy Dung bị cáo giác mưu phản. Minh Thái Tổ lập tức hạ lệnh chém chết cả nhà, đồng thời truy cứu các đồng đảng. Lần truy cứu đó, liên quan đến văn võ bá quan, tổng cộng hơn 1 vạn 5000 người. Minh Thái Tổ nhẫn tâm, đem toàn bộ những người bị tình nghi đó ra chém. Học sĩ Tống Liêm là người cùng với Lưu Cơ được Minh Thái Tổ trọng dụng trong thời khởi nghiệp. Sau này, ông còn là thầy dạy thái tử. Tống Liêm là người thận trọng, nhưng Minh Thái Tổ cũng không yên tâm về ông. Một hôm, Tống Liêm mời mấy người bạn đến uống rượu. Hôm sau vào triều, Minh Thái Tổ hỏi ông đêm qua có uống rượu không, mời những ai, ăn những món gì. Tống Liêm trả lời đúng sự thực. Minh Thái Tổ cười nói: "Khanh đã không nói dối trẫm".

Thì ra, khi Tống Liêm mời khách, Minh Thái Tổ đã ngầm cử người theo dõi. Sau đó, Minh Thái Tổ khen Tống Liêm trước triều đình: "Tống Liêm phục vụ trẫm trong mười chín năm, chưa hề nói dối trẫm một lần nào, cũng chưa hề nói xấu ai một câu, thật là một người hiền!".

Năm 68 tuổi, Tống Liêm cáo lão về hưu. Minh Thái Tổ còn tặng ông 1 tấm gấm và nói: "Hãy giữ lấy, đợi ba mươi hai năm nữa, may một tấm áo mừng trăm tuổi".

Khi xảy ra vụ án Hồ Duy Dung, cháu của Tống Liêm là Tống Thận cũng bị tố cáo là phe cánh Hồ Duy Dung. Minh Thái Tổ ra lệnh đội Cẩm y vệ bắt Tống Liêm từ quê nhà ở Kim Hoa đưa về kinh thành, muốn xử tử ông. Mã hoàng hậu biết việc đó, liền khuyên Minh Thái Tổ: "Nhà dân thường thuê thầy dạy con mình, còn đối đãi cung kính, huống chi là gia đình hoàng đế. Vả lại, Tống tiên sinh ở quê nhà, sao biết được việc làm của cháu ở đây!".

Minh Thái Tổ đang cơn giận, không chịu tha Tống Liêm. Hôm đó, Mã hoàng hậu ăn cơm cùng Minh Thái Tổ. Bà ngồi ngây người bên bàn ăn, không uống rượu cũng không ăn thịt. Minh Thái Tổ lấy làm lạ, hỏi nguyên do. Mã hoàng hậu buồn rầu nói: "Tống tiên sinh phạm tử tội, thiếp rất buồn lòng, đang cầu phúc cho tiên sinh đây!".

Mã hoàng hậu là người vợ từ thời trẻ đã chung mọi hoạn hạn với Minh Thái Tổ nên được ông tôn trọng. Nghe bà nói thế, ông có phần cảm động, miễn tội chết cho Tống Liêm, đổi thành hình phạt sung quân đi Mậu Châu (nay là huyện Mậu, Tứ Xuyên). Ông già Tống Liêm 71 tuổi, sợ hãi và đau xót, đã chết trên đường phát vàng. 7 năm sau, lại có người cáo giác Lý Thiên Trường từng qua lại mật thiết với Hồ Duy Dung, biết rõ Hồ Duy Dung mưu phản mà không tố giác, còn giữ thái độ chờ xem, phạm tội đại nghịch vô đạo. Lý Thiên Trường là khai quốc công thần hàng đầu, lại có quan hệ thông gia với Minh Thái Tổ. Khi Minh Thái Tổ phong chức cho hàng loạt công thần, đã từng cấp cho Lý Thiên Trường 2 "thiết quyển" (miễn xử tử tội chết nếu chẳng may sau này phạm pháp). Năm nay, Lý Thiên Trường đã 77 tuổi, nhưng Minh Thái Tổ đã nuốt lời hứa, đem cả gia đình Lý Thiên Trường hơn 70 người ra xử tử. Tiếp sau đó, hoàng đế lại hạ lệnh truy cứu tiếp phe cánh của Hồ Duy Dung, xử tử tiếp hơn 1 vạn 5000 người nữa. Sau vụ án Hồ Duy Dung, Minh Thái Tổ thấy không yên tâm khi trao đại quyền chính trị, quân sự cho các đại thần liền thủ tiêu chức thừa tướng, đích thân hoàng đế đảm nhận nhiệm vụ thượng thư các bộ lại, bộ, lễ, binh, hình, công. Đồng thời cũng phế bỏ đại đô đốc phủ nắm quyền chỉ huy quân sự, thay vào đó là 5 đô đốc phủ tả, trung, hữu, tiền, hậu; chia nhau phụ trách việc luyện binh. Khi cần điều quân ra trận, sẽ do hoàng đế trực tiếp hạ lệnh. Như vậy, quyền lực của hoàng đế trở nên tập trung chưa từng thấy.

Sự việc chưa kết thúc ở đó. 3 năm sau, Cẩm y vệ lại cáo phát đại tướng Lam Ngọc mưu phản. Minh Thái Tổ liền giết Lam Ngọc và truy cứu kẻ đồng mưu. Lại có hơn 1 vạn 5000 người liên quan bị giết. Hai vụ án đó hầu như đã làm hết sạch mọi công thần triều đình. Sự chuyên chế và tàn bạo của Minh Thái Tổ vì vậy đã nổi danh trong lịch sử.