Sau khi Nỗ Nhĩ Cáp Xích chết vì trọng thương, Viên Sùng Hoán muốn thám thính tình hình Hậu Kim, liền phái sứ giả đến Thẩm Dương điếu tang. Hoàng Thái Cực vô cùng căm giận Viên Sùng Hoán, nhưng vì Hậu Kim vừa thua trận, cần nghỉ ngơi chỉnh đốn, lại cũng muốn thăm dò thái độ triều Minh, nên không những vẫn tiếp đãi sứ giả mà còn cử sứ đoàn tới Ninh Viễn đáp lễ. Bề ngoài, 2 bên tỏ ra hòa hoãn, nhưng bên trong đều ngấm ngầm chuẩn bị cho cuộc chiến tiếp sau. Năm sau, Hoàng Thái Cực lại thân dẫn đại quân tiến đánh quân Minh. Quân Kim chia làm 3 cánh tiến xuống, trước hết bao vây chặt thành Cẩm Châu. Viên Sùng Hoán phán đoán mục tiêu chủ yếu của Hoàng Thái Cực là Ninh Viễn, nên quyết định tự mình lưu lại Ninh Viễn, chỉ phái bộ tướng dẫn 4000 kỵ binh tới cứu Cẩm Châu. Quả nhiên, viện binh chưa xuất phát thì Hoàng Thái Cực đã cử quân tới đánh Ninh Viễn. Viên Sùng Hoán đích thân trèo lên mặt thành đôn đốc tướng sĩ giữ thành, dùng pháo lớn bắn mạnh vào quân Kim. Quân Minh đóng sẵn ở ngoài thành cũng phối hợp với quân trong thành đánh ép quân Kim, buộc quân Kim rút lui.

Hoàng Thái Cực lại điều quân tới Cẩm Châu nhưng quân Minh giữ Cẩm Châu hết sức nghiêm ngặt, lại thêm tiết trời chuyển sang nóng nực, sĩ khí quân Kim xuống thấp. Hoàng Thái Cực đành phải lui quân. Thế là Viên Sùng Hoán lại 1 lần nữa giành thắng lợi. Nhưng bọn Yêm đảng của Ngụy Trung Hiền lại giành công ấy cho mình, còn trách cứ Viên Sùng Hoán là không đích thân tới cứu Cẩm Châu. Viên Sùng Hoán biết Ngụy Trung Hiền rắp tâm kiếm chuyện, đành xin từ chức. Năm 1627, vị hoàng đế ngu tối Minh Hy Tông ốm chết, em là Chu Do Kiểm lên nối ngôi. Đó là Minh Tư Tông, cũng gọi là Sùng Trinh Đế (Sùng Trinh là niên hiệu của Minh Tư Tông). Sùng Trinh Đế từ lâu đã biết Ngụy Trung Hiền là kẻ lộng quyền làm bậy khiến dân chúng oán giận, nên vừa lên ngôi, liền vạch tội Ngụy Trung Hiền, bắt hắn sung quân tới Phượng Dương. Ngụy Trung Hiền biết là khó sống nổi, nên tới nửa đường đã tự sát.

Sau khi trừng trị Yêm đảng, Sùng Trinh Đế sửa lại án oan, khôi phục danh dự cho Dương Liên và Tả Quang Đẩu, đồng thời có ý muốn chỉnh đốn lại triều chính. Rất nhiều đại thần xin triệu Viên Sùng Hoán trở về triều đình, Sùng Trinh Đế nghe theo lời tâu đó, triệu Viên Sùng Hoán về, phong làm bộ binh thượng thư, phụ trách việc quân toàn vùng Hà Bắc, Liêu Đông. Sùng Trinh Đế còn đích thân triệu kiến Viên Sùng Hoán, hỏi xem ông có kế hoạch gì. Viên Sùng Hoán tâu: "Chỉ xin bệ hạ trao cho thần quyền chỉ huy, các bộ trong triều nhất trí phối hợp, thì không quá năm năm có thể khôi phục được Liêu Đông!".

Sùng Trinh Đế rất hài lòng, ban cho Viên Sùng Hoán thanh Thượng Phương bảo kiếm, cho phép ông toàn quyền tiến hành công việc. Viên Sùng Hoán trở lại Ninh Viễn, tuyển chọn tướng tài, chỉnh đốn đội ngũ, giữ nghiêm quân lệnh, khiến sĩ khí lên cao. Tổng binh Đông Giang là Mao Văn Long đánh trận thua, vẫn mạo báo quân công, không phục tùng sự chỉ huy của Viên Sùng Hoán. Ông liền sử dụng Thượng Phương bảo kiếm chém Mao Văn Long.

Hoàng Thái Cực thua trận, rất cay cú. Biết Ninh Viễn, Cẩm Châu phòng giữ nghiêm ngặt, liền đổi hướng tiến công. Sau khi chuẩn bị chu đáo, năm 1629, Hoàng Thái Cực thống lĩnh mấy chục vạn quân từ Long Tĩnh Quan, Đại An Khẩu (nay ở phía bắc Tuân Hóa, Hà Bắc) đi vòng tới Hà Bắc, tiến thẳng đến kinh thành Bắc Kinh. Hành động đó nắm ngoài dự đoán của Viên Sùng Hoán. Ông vội vàng cất quân toan chặn quân Kim giữa đường, nhưng không kịp. Quân Kim tiến vào nơi không có phòng thủ, tới tận ngoài thành Bắc Kinh. Viên Sùng Hoán lòng như lửa đốt, dẫn quân Minh đuổi theo 2 ngày đêm liền không nghỉ, lao vào cuộc chiến đấu kịch liệt với quân Kim. Các cánh quân Minh khác cũng lần lượt về cứu kinh thành, phối hợp với nhau chống lại quân Kim. Quân Kim đột nhiên tiến đánh Bắc Kinh khiến toàn kinh thành chấn động. Sùng Trinh Đế lại càng hoảng hốt, không biết xử trí thế nào. Sau nghe nói Viên Sùng Hoán đã mang quân về kịp, mới trấn tĩnh lại. Nhưng số dư đảng của Ngụy Trung Hiền lại phao tin là lần này quân Kim đi vòng đường tiến vào được, nhất định là có âm mưu mờ ám gì bên trong. Sùng Trinh Đế là người đa nghi, nghe những lời đó cũng có chút ngờ vực. Chính vào lúc đó, 1 thái giám bị quân Kim bắt, tìm cách trốn về được, tâu với Sùng Trinh Đế là Viên Sùng Hoán đã có mật ước với Hoàng Thái Cực, bán rẻ Bắc Kinh cho Kim. Nguồn tin đó như sét nổ giữa trời quang, khiến Sùng Trinh Đế ngây người kinh sợ. Nguyên do là, sau khi 2 viên thái giám triều Minh bị quân Kim bắt đi, đem giam trong trại Kim, thì 1 đêm, viên thái giám họ Dương chợt tỉnh, thấy 2 lính gác Kim đang trò chuyện to nhỏ với nhau. Một tên nói: "Hôm nay, quân ta đang giao chiến lại có lệnh lui quân, hoàn toàn là do chủ ý của hoàng thượng (chỉ Hoàng Thái Cực). Mày có hiểu không?".

Tên kia hỏi: "Mày hiểu thế nào?".

Tên thứ nhất trả lời: "Vừa rồi tao nhìn thấy hoàng thượng một mình một ngựa đi sang phía doanh trại Minh, từ trong trại Minh có hai người cưỡi ngựa đi ra, nói chuyện với hoàng thượng rất lâu rồi hai bên mới từ biệt. Nghe nói hai người đó là do Viên tướng quân cử ra. Tướng quân đã có mật ước với hoàng thượng chúng ta. Xem ra, đại sự thành công đến nơi rồi..."

Viên thái giám họ Dương nghe lỏm được mấu đối thoại đó, rồi nhân lúc lính gác không chú ý, liền lẻn trốn ra, chạy về phía quân Minh, sau đó về kinh thành tâu lại với Sùng Trinh Đế. Sùng Trinh Đế cho là thật, chứ đâu biết rằng màn kịch đó là do Hoàng Thái Cực bày đặt ra để làm kế ly gián. Sùng Trinh Đế lập tức triệu Viên Sùng Hoán vào cung. Nhận được lệnh triệu, Viên Sùng Hoán không biết có việc gì, vội vàng vào cung. Sùng Trinh Đế vừa thấy, đã vênh mặt quát hỏi: "Tại sao nhà ngươi dám tự tiện giết Mao Văn Long? Tại sao quân Kim tới sát Bắc Kinh mà ngươi lần lữa mãi mới mang quân về?".

Viên Sùng Hoán kinh ngạc, không biết nên trình bày từ đâu. Ông đang chuẩn bị tâu trình thì Sùng Trinh Đế đã quát cẩm y vệ tới trói ông lại đưa vào đại lao. Có đại thần thấy Viên Sùng Hoán xưa nay vẫn tận trung với nước, cảm thấy vẫn đề có uẩn khúc, liền tâu xin Sùng Trinh Đế: "Cuối xin bệ hạ nên suy xét thận trọng".

Sùng Trinh Đế xẵng giọng: "Thận trọng cái gì! Thận trọng chỉ làm hỏng việc!"

Mặc cho các đại thần tâu xin, Sùng Trinh Đế ngả theo lời xúc xiểm của dư đảng Ngụy Trung Hiền, năm sau liền hạ lệnh xử tử Viên Sùng Hoán.

Hoàng Thái Cực dùng mẹo phản gián trừ được đối thủ Viên Sùng Hoán, liền lui quân về Thịnh Kinh. Từ đó, Hậu Kim ngày càng lớn mạnh. Năm 1635, Hoàng Thái Cực đổi tên Nữ Chân thành Mãn Châu. Năm sau, liền xưng đế ở Thịnh Kinh, đổi quốc hiệu là Thanh. Đó là Thanh Thái Tông.