Mặc dù được xem như là một tôn giáo, thì Phật giáo vẩn là một trong các truyền thống tri kiến vĩ đại nhất của thế giới, được dựa trên cơ sở về trải nghiệm và lập luận hơn là việc tin tưởng không điều kiện vào thần quyền. Trong nhiều thế kỷ, đạo Phật đã đối thoại với các truyền thống khác ở châu Á như là Ấn giáo, Khổng và Lão giáo, đó là các truyền thống vốn có các luận điểm riêng về thực tại. Nhưng đến kỷ nguyên mới này, thì sự thống trị thuộc về khoa học hiện đại vốn là một hệ thống truy cứu và tri kiến về thế giới tự nhiên một cách có lập luận, cho nên nếu muốn duy trì vị thế sẵn có như là một truyền thống thực nghiệm và tập luận truy cứu nghiêm cẩn, thì Phật giáo phải đối mặt với khoa học.

Đây chính là điều mà Thánh đức Dalai Lama thực hiện qua tác phẩm Vũ Trụ Trong Một Nguyên Tử. Trong khi quyển sách mở ra với lời tự thuật cá nhân về việc sớm chạm trán với khoa học, tức là việc Ngài tiến hành thảo luận về mối quan hệ giữa Phật giáo với vật lý hiện đại cũng như là với vũ trụ học, sinh học, các khoa học về tư tưởng, và đạo đức, thì chúng ta tìm thấy được ở Ngài một tâm trí sáng chói trong công việc khi vật lộn với hầu hết các nan đề thúc bách mà loài người đang đối mặt ngày nay.

Phật giáo và các khoa học vật chất có giao diện to lớn với nhau trên nhiều mức độ triết lý, thăm dò bản chất về nguồn gốc của vũ trụ, và bản chất tối hậu của vật chất. Nếu sự nghiên cứu vốn bao gồm nhiều ngành học này diễn ra trong thế kỷ thứ 19, khi mà tưởng chừng Cơ học cổ điển đã đạt đến lời chung kết, thì việc so sánh với Phật giáo sẽ không đáng kể. Song, bởi do sự hình thành của thuyết tương đối và vật lý lượng tử, thì bản chất của vũ trụ vật lý và mối quan hệ với những phương cách mà các nhà khoa học nghiên cứu vũ trụ này đã phải được đánh giá lại một cách nền tảng. Thật có ý nghĩa gì chăng khi cố gắng mô tả vũ trụ một cách độc lập bằng các hệ thống đo lường của chính chúng ta? Phải chăng vật chất là cấu trúc tối hậu cho thế giới tự nhiên hay phải chăng chính khái niệm về vật chất được thoát thai từ một điều chi đó cơ bản hơn, cụ thể là thông tin [sự định danh]? Với sự quan tâm từ lâu trong vật lý và nhiều tiếp xúc cá nhân với các nhà vật lý lỗi lạc của thế kỷ XX, Ngài mang đến một mức sâu sắc tuyệt vời và một sự trưởng thành về mặt tư tưởng cho những câu hỏi thâm thúy, thể hiện phương cách mà triết lý Phật giáo, đặc biệt là thuyết Trung Đạo được đề ra bởi thánh giả Long Thọ, có thể làm sáng tỏ các vấn đề này.

Trong lúc những đột phá vật lý đã nổi bật vào thế kỷ XX, thì nhiều người hiện nay tin rằng sinh học đang nắm giữ chìa khóa cho những khám phá quan trọng nhất trong thế kỷ hiện nay. Lý thuyết tiến hóa đã trở thành trung tâm của toàn thể bộ môn sinh học ngày nay, và nó thường được trình bày như là một tiến trình vật chất thuần túy, mặc dù các nhà khoa học và thần học vẫn tiếp tục tranh luận về các khả năng xảy ra của một "thiết kế thông minh" từ một đấng Tạo Hóa toàn năng. Ở đây Ngài đi vào lĩnh vực đầy tranh cãi này bằng việc thảo luận quan điểm của Phật giáo về nghiệp, kiểm tra cách thức mà chúng có thể tương thích với sự nảy sinh của đời sống chúng sinh trên hành tinh của chúng ta. Đây là một tầm nhìn quan trọng khác so với các cuộc tranh luận chuẩn giữa giữa các nhà duy vật triệt để và các nhà thần học, vì Phật giáo bác bỏ cả lòng tin rằng thế giới tự nhiên tương đương với thế giới vật chất lẫn lòng tin vào một Đấng sáng tạo toàn năng người thết kế và thống trị thế giới tự nhiên

Một trong những mãng gây hứng thú lớn của các khoa học tư tưởng ngày nay thuộc về bản chất và nguồn gốc của ý thức trong thiên nhiên rộng lớn và đặc biệt là trong con người. Trong khi tiến bộ phi thường của khoa học đã được thực hiện trong các khuôn khổ về việc nghiên cứu những chức năng thần kinh góp phần vào sự xuất hiện của ý thức và các tiến trình tinh thần cụ thể, thì bản chất thực tế của các sự kiện tinh thần này và những nguyên nhân cần và đủ cho sự nảy sinh của chúng vẫn còn là một bí ẩn. Tâm luôn luôn là một mối quan tâm chủ yếu của Phật giáo, vì nó đóng một vai trò trung tâm trong từng chân lý của Tứ Diệu Đế về đau khổ, nguồn gốc của đau khổ, sự chấm dứt của khổ đau, và đạo pháp đến sự diệt khổ. Không giống như khoa học hiện đại, Phật giáo đã phát triển và tinh lọc nên các phương tiện cực kỳ tinh tế của việc quan sát tâm trực tiếp và thẩm tra một cách chứng nghiệm nguồn gốc của nó, quan hệ của nó với phần còn lại của thế giới, và tiềm năng của nó. Trong thảo luận về phổ của ý thức, đức Dalai Lama chỉ ra rằng Phật giáo với toàn bộ sức mạnh của nó, tạo được hết khẳng định gây ngạc nhiên này đến khẳng định gây ngạc nhiên khác. Nhiều điều trong số đó thách thức đến các tín điều duy vật nền tảng nhất về tâm và vai trò của tâm trong tự nhiên.

Sự tham gia của Phật giáo với hiểu biết về tâm chủ yếu là chứng nghiệm, vì chủ đề chính của các giáo huấn của đức Đức Phật là việc vượt qua đau khổ và nguồn của đau khổ. Cấu trúc cốt lõi của lộ trình Phật giáo bao gồm giới, định, và tuệ bằng cách truy cứu quán chiếu. Toàn bộ lộ trình hoàn toàn dựa trên giới luật, và điều này cũng đã trở thành một vấn đề ngày càng quan trọng trong khoa học hiện đại, đặc biệt là trong lĩnh vực di truyền học. Một lần nữa Ngài mang tâm trí bén nhạy và trái tim từ bi của mình đến với các vấn đề được nêu ra trong sinh học hiện đại và kỹ thuật di truyền, chỉ ra cách thức làm thế nào để khoa học và tâm linh có thể bổ sung cho nhau. Chỉ có thông qua sự cộng tác tôn trọng lẫn nhau và sự bắt tay giữa khoa học với các tôn giáo lớn trên thế giới thì nhân loại mới hoàn toàn có thể giải quyết nổi những thách thức nhiều bức xúc mà chúng ta phải đối mặt ngày hôm nay. Thật sự khó tìm thấy một người cố vấn thông tuệ hơn hay nhiều từ bi hơn để hướng dẫn chúng ta trong nhiệm vụ này như là với Thánh đức Dalai Lama thứ XIV