50 vạn đại quân Minh đại bại ở Thổ Mộc Bảo, tin dữ truyền về Bắc Kinh khiến thái hậu và hoàng hậu lăn khóc thảm thiết. Họ cho lấy trong kho nội cung rất nhiều vàng bạc châu báu, lụa là gấm vóc rồi ngầm sai thái giám đi tìm quân Ngõa Lạt, xin chuộc Anh Tông về. Kết quả tất nhiên là không đạt được.. Thương binh từ Thổ Mộc Bảo chạy về, người cụt tay, kẻ mất chân, lũ lượt xuất hiện trên đường phố Bắc Kinh, khiến dân kinh thánh càng hoang mang sợ hãi. Không ai biết tung tích của hoàng đế ở đâu. Mặt khác, trong kinh thành còn rất ít quân mã, lỡ quân Ngõ Lạt tới thì biết làm thế nào? Để yên lòng dân, hoàng thái hậu ra chiếu ủy thác Thành vương Chu Kỳ Ngọc làm giám quốc (tức thay thế chức quyền hoàng đế), đồng thời triệu tập các đại thần, bàn bạc đối phó với quân Ngõa Lạt. Các đại thần mỗi người 1 ý, không biết nên làm thế nào. Đại thần Từ Hữu Trinh nói: "Quân Ngõa Lạt rất mạnh, không sao chống nổi. Thần xem thiên tượng, thấy kinh thành sẽ gặp nạn lớn. Chi bằng chạy xuống miền nam, tạm tránh một thời gian, rồi sẽ tính sau".

Binh bộ thị lang Vu Khiêm lập tức nghiêm mặt, tâu với thái hậu và Thành vương: "Ai chủ trương bỏ chạy, nên đem chém! Kinh thành là cái gốc của quốc gia, nếu triều đình chuyển đi thì đại cục sẽ hỏng. Chẳng lẽ mọi người quên bài học triều Tống hay sao?".

Chủ trương của Vu Khiêm được rất nhiều đại thần tán thành. Thái hậu liền quyết định trao cho Vu Khiêm nhiệm vụ chỉ huy quân dân giữ thành. Vu Khiêm là anh hùng nổi tiếng thời Minh, quê tại Tiền Đường, Triết Giang (nay là Hàng Châu). Từ nhỏ, ông đã có chí lớn. Tổ phụ của ông có giữ 1 bức họa Văn Thiên Tường. Vu Khiêm vô cùng khâm phục người anh hùng đó, liền treo bức họa đó lên tường học, tỏ ý nhất định noi theo tấm gương Văn Thiên Tường. Khi trưởng thành, ông thi đỗ tiến sĩ, làm quan ở mấy địa phương. Ở đâu, ông cũng giữ nghiêm pháp luật, chính trực liên khiết, hết lòng vì việc công. Sau ông làm tuần phủ Hà Nam, đã khuyến khích sản xuất, cứu tế dân bị thiên tai đói kém, luôn chú ý chăm lo đời sống nhân dân. Khi Vương Chấn chuyên quyền, tệ tham nhũng lan tràn, mỗi khi quan địa phương lên kinh tâu việc, bao giờ cũng phải đem bạc nén lên đút lót cấp trên. Chỉ riêng Vu Khiêm không bao giờ đem lễ vật. Có người khuyên ông: "Ngài không mang theo vàng bạc châu báu, lẽ nào lại không đem theo một ít thổ sản?".

Vu Khiêm phẩy 2 cánh tay áo rộng, cười nói: "Ta chỉ có gió lành mà thôi!".

Ông còn viết 1 bài thơ, tỏ thái độ của mình. Hai câu thơ cuối của bài thơ như sau:

"Thanh phong lưỡng tụ triều thiên khứ,

miễn đắc la diêm thoại đoản trường".

Tạm dịch"

"Hai tay áo rỗng chầu thiên tử,

khỏi để dân gian nói thị phi."

Vì Vu Khiêm cương trực không xu nịnh, nên đã làm Vương Chấn phật ý, hắn liền xúi giục đồng đảng vu cáo Vu Khiêm, giam ông vào nhà lao, toan xử ông vào tội chết. Các quan lại và dân chúng vùng Hà Nam, Sơn Tây được tin Vu Khiêm bị vu cáo, liền tụ tập hàng ngàn hàng vạn người ký đơn thỉnh nguyện lên Minh Anh Tông, xin tha Vu Khiêm. Bọn Vương Chấn thấy sự phẫn nộ của đông đảo dân chúng là đáng gờm, mặt khác cũng không có chứng cớ gì cụ thể, đành tha Vu Khiêm và trả lại chức vụ cho ông. Sau đó, ông được điều lên kinh thành làm Bộ binh thị lang. Lần này, trong giờ phút kinh thành nguy cấp, Vu Khiêm dũng cảm đứng ra đảm nhận việc giữ thành. Một mặt, ông điều binh khiển tướng, tăng cường binh lực phòng thủ kinh thành và các cửa quan trọng yếu; 1 mặt chỉnh đốn nội bộ, lùng bắt bọn gian tế làm tay trong cho quân Ngõa Lạt. Một hôm, giám quốc là Thành vương Chu Kỳ Ngọc lâm triều, các đại thần xôn xao yêu cầu công bố tội trạng của Vương Chấn. Chu Kỳ Ngọc không dám làm việc này. Tên hoạn quan Mã Thuận, là đồng đảng của Vương Chấn, thấy các đại thần không chịu lui triều, liền lớn tiếng muốn đuổi họ ra. Hành động của hắn khiến các đại thần nổi giận, 1 người xông lên túm lấy hắn, mọi người hùa theo, xúm lại đấm đá, làm Mã Thuận chết tại chỗ. Chu Kỳ Ngọc thấy triều đình đại loạn, toan chạy trốn vào nội cung. Vu Khiêm ngăn lại nói: "Vương Chấn là tên đầu sỏ gây nên thất bại trong cuộc chiến tranh vừa rồi, không công bố rõ ràng tội trạng thì không dẹp yên được sự căm phẫn của nhân dân. Nếu giám quốc đại vương công bố rõ tội trạng của hắn, thì các đại thần mới yên tâm!".

Chu Kỳ Ngọc nghe theo ý kiến Vu Khiêm, hạ lệnh tịch thu gia sản Vương Chấn, trừng phạt 1 số đồng đảng của hắn. Lòng dân kinh thành nhờ thế mà an định lại. Thủ lĩnh Ngõa Lạt là Dã Tiên sau khi bắt sống được Minh Anh Tông, không giết mà giữ lại làm con tin, thường xuyên quấy phá biên giới. Thấy triều đình không thể thiếu vua, Vu Khiêm và 1 số đại thần liền tâu xin thái hậu chính thức đưa Chu Kỳ Ngọc lên ngôi hoàng đế, còn Minh Anh Tông đang bị bắt, được gọi là Thái thượng hoàng. Chu Kỳ Ngọc được chỉ định lên làm hoàng đế. Đó là Minh Đại Tông (còn gọi là Cảnh Đế). Dã Tiên biết triều Minh quyết tâm chống lại Ngõa Lạt, liền lấy cớ đưa Minh Anh Tông trở về, để mang quân đội tiến về Bắc Kinh. Tháng 10 năm đó, quân Ngõa Lạt nhanh chóng đánh tới chân thành Bắc Kinh, hạ trại ở ngoài Tây Trực Môn. Vu Khiêm liền triệu tập các tướng bàn đối sách. Đại tướng Thạch Hanh cho rằng quân Minh thiếu binh lực, nên rút vào trong thành cố thủ, lâu ngày có thể quân Ngõa Lạt phải lui. Vu Khiêm nói: "Kẻ địch hung hăng như vậy, nếu chúng ta tỏ ra mềm yếu thì chỉ làm cho chúng thêm hung hãn. Chúng at cần chủ động đưa quân ra, đánh cho chúng một đòn đích đáng". Sau đó, ông phái 1 số tướng đem quân ra khỏi thành, bày thế trận.

Sau khi Vu Khiêm bố trí xong trận thế, ông liền đích thân dẫn 1 cánh quân ra trấn giữ ngoài Đức Thắng Môn, bảo tướng giữ thành đóng chặt các cửa thành lại, tỏ rõ quyết tâm chỉ tiến không lùi. Đồng thời, ông hạ 1 quân lệnh, quy định nếu tướng lĩnh nào ra trận mà bỏ đội ngũ lui về thì sẽ bị chém; binh sĩ nào không nghe chỉ huy, khi lâm trận bỏ chạy, thì tướng sĩ phía sau được quyền chém. Các tướng sĩ được cổ vũ bởi tinh thần kiên quyết dũng cảm của Vu Khiêm, đều cảm động hăng hái, quyết tâm giao chiến với quân Ngõa Lạt, bảo vệ kinh thành. Lúc đó, quân Minh từ các địa phương nhận được mệnh lệnh của triều đình, đều lục tục kéo về chi viện cho Bắc Kinh. Quân Minh ngoài thành tăng lên tới 22 vạn. Quân Minh có thanh thế mạnh, bố trí phòng bị nghiêm chỉnh, nên Dã Tiên mở mấy cuộc tiến công, đều bị quân Minh dũng cảm đánh chặn. Dân chúng cũng phối hợp với quân đội, trèo lên mái nhà, bờ tường, dùng gạch ngói ném vào kẻ địch. Qua 5 ngày kịch chiến, quân Ngõa Lạt tổn thất nghiêm trọng. Dã Tiên đứng trước tình thế bất lợi, lại sợ đường lui quân bị cắt đứt, không dám chiến đấu nữa, phải đem theo Minh Anh Tông và tàn binh bại tướng rút lui. Vu Khiêm đợi cho Minh Anh Tông đã đi xa, liền dùng hỏa pháo bắn mạnh, sát thương thêm số quân Ngõa Lạt. Cuộc chiến đấu bảo vệ Bắc Kinh giành được thắng lợi rực rỡ.

Vu Khiêm lập công lớn, được quân dân kinh thành vô cùng yêu mến. Minh Đại Tông hết sức tôn trọng ông. Thấy nhà ở của Vu Khiêm quá sơ sài, chỉ đủ che mưa che gió, Dại Tông liền xây cho ông 1 phủ đệ; nhưng Vu Khiêm từ chối. Ông nói: "Nay là lúc nước nhà gặp nạn, sao thần có thể nghĩ tới việc hưởng thụ được".

Sau thất bại, Dã Tiên thấy giữ mãi Minh Anh Tông cũng chẳng có ích gì, liền tha cho Minh Anh Tông về Bắc Kinh. Vu Khiêm 1 lòng bảo vệ quốc gia, nhưng Từ Hữu Trinh, kẻ đã chủ trương bỏ chạy trong lúc Bắc Kinh nguy cấp, bị Vu Khiêm lên án nặng nề; và đại tướng Thạch Hanh, đã có lần bị Vu Khiêm quở trách, vẫn ôm mối hận trong lòng, ngấm ngầm tìm thời cơ để trả hận. Anh Tông về Bắc Kinh được 7 năm, tức vào năm 1457 thì Minh Đại Tông ốm nặng. Từ Hữu Trinh, Thạch Hanh câu kết với 1 số hoạn quan, đem quân xông vào hoàng cung, lại tôn Minh Anh Tông Chu Kỳ Trấn lên làm vua. Lịch sử gọi sự kiện này là "đoạt môn chi biến" (sự biến chiếm đoạt cửa cung). Ít lâu sau, Minh Đại Tông chết. Minh Anh Tông trở lại ngôi hoàng đế, vốn đã tức giận Vu Khiêm giúp em mình lên ngôi hoàng đế trong lúc ông bị bắt, lại thêm lời vu cáo Từ Hữu Trinh, Thạch Hanh, liền dụng tâm độc án, ghép Vu Khiêm vào tội "mưu phản" và giết hại ông. Nhân dân Bắc Kinh nghe tin Vu Khiêm bị giết 1 cách oan uổng, thì già trẻ gái trai đều đau đớn khóc ròng. Người ta lưu truyền bài thơ "Vịnh vôi" mà ông làm lúc còn trẻ

"Thiên chùy bách tạc xuất thâm sơn,

Liệt hỏa phần thiêu nhược đẳng nhàn.

Phấn cốt toái thân hồn bất phạ,

Yến lưu thanh bạch tại nhân gian".

Dịch thơ:

"Đục phá người mang khỏi núi non,

Lửa hừng thiêu đốt chẳng sờn gan.

Tấm thân tan nát không hề sợ,

Thanh bạch còn lưu tại thế gian".

Mọi người đều cho rằng, những câu thơ đó đã miêu tả hết sức đúng cuộc đời của Vu Khiêm.