Cùng bạn mình là cha Andréi, người bị ám sát trên một chuyến tàu từ Rome đi Paris, cha Nil đã phát hiện ra một bí mật động trời về thân thế Jesus, một bí mật hẳn sẽ khiến cả phương Tây lẫn bất cứ quốc gia nào thờ phụng Jesus cũng đều phải chao đảo. Trước mối nguy tiềm tàng ấy, không chỉ Rome mà cả Jerusalem và La Mecque cùng lao vào cuộc đua vây dồn ông, và không loại thủ đoạn nào không được viện tới...

Bí ẩn tông đồ thứ 13 không chỉ đơn thuần tìm cách làm sáng tỏ bí mật về thân thế chúa Jesus, một bí mật từng khiến thế giới tốn không biết bao nhiêu giấy mực, xương máu và nước mắt, mà còn kể lại một cách sinh động đến nghẹt thở những bí mật lịch sử, những câu chuyện hậu trường tôn giáo đầy gian dối, cạm bẫy, hiểm nguy và chết chóc, làm mê say độc giả, góp phần vinh danh Michel Benoît như một "chuyên gia về nguồn gốc Thiên chúa giáo".